1949-ais Katedrą uždarius, jau kitais metais nuo jos numuštos šventųjų skulptūros, o 1950-ais ir 1951-ais keliskart į ją įsilaužta: išvogta didesnė dalis turto, kitas sugadintas. 1953-ais karstas su šv. Kazimiero palaikais perkeltas į šv.apaštalų Petro ir Povilo bažnyčią, kur saugotas iki pat 1989-ųjų. 1953-ų rudenį komisijai apžiūrėjus Katedrą, konstatuota, kad jos turtas išdalytas įvairioms įstaigoms, dalis turto parduota, apnaikinti altoriai, sulaužyti baldai, sugadinti vargonai, skulptūros, antkapiai. 1953-ais Katedrą perdavus Dailės muziejui, po keleto metų ji perdažyta, įvestas šildymas, o 1956-ais įrengta Paveikslų galerija. Net ir būdama atimta iš tikinčiųjų, šventovė atliko svarbią kultūrinę misiją: joje vykdavo klasikinės muzikos koncertai, o 1969-ais, didžiam vilniečių ir vargonininkų džiaugsmui, vokiečių firma iš Potsdamo restauravo vargonus.
Jūsų dėmesiui – reta nuotrauka: klasikinės muzikos koncertas Katedroje iš arti (~1964 m.)
